Все начинается с того, что андроид Брэйниак захватывает Святого Уокера, Звёздный Сапфир, Индиго-1, Синестро, Атроцитуса и Ларфлиза. На Земле же злодей Крок-убийца сбегает с украденными чертежами. Бэтмен и Робин преследуют Крока по канализации, но тот все равно отдает чертежи своим союзникам (Соломон Гранди, Светлячок, Гепарда, Джокер).
Бэтмен изучает загадочный НЛО в космосе и тот захватывает разум героя. Робин и Альфред приводят Бэтмена в чувство. Лекс Лютор обезвреживает Человека-ястреба и проводит злодеев в портал до Сторожевой Башни - штаб-квартиры Лиги Справедливости. Злодеи захватывают Башню.
Добравшись до Башни, Бэтмен, Робин и Лига Справедливости останавливают их. Брэйниак раскрывает свой план: используя эмоциональный спектр Фонарей, андроид сможет уменьшить Землю и добавляет её в свою коллекцию. Герои и злодеи решают объединится перед общей угрозой. Все добираются до корабля Брэйниака и освобождают Фонарей, и тем самым освобождая спектры которые попадают в персонажей вызывая у них те же эмоциии. Так Флеш становится жадным, Киборг всего боится, Чудо женщина на все злится, Джокер всех кругом полюбил, а Лекс Лютор проникается ко всем сочувствием. Несмотря на то что героям удается победить Брэйниака, он все же успевает уменьшить Землю.
Чтобы вернуть планете прежние размеры, нужны кристалл и батареи Фонарей. Супермен и злодеи отправляются к Крепости Одиночества за кристаллом, Марсианский Охотник, Киборг и Флэш - на планеты Фонарей-союзников, Бэтмен переодетый в Джокера, Робин переодетый в Лютора, Чудо-женщина переодетая в Гепарду, Зелёный Фонарь и Соломон Гранди - на планеты Фонарей-врагов.
В тот момент когда батареи были доставлены в Крепость, Синестро, Ларфлиз и Атроцитус тоже туда проникают. С их помощью кристалл напитывается энергией, но Супермен вырастает до гигантских размеров. Брэйниак решает захватить контроль над большим Суперменом и натравляет его на героев. Бэтмен после неудачных попыток все же приводит Супермена в чувство и Брэйниак оказывается побежденным.
Тем временем, Лекс Лютор приводит свой начальный план в действие: он становится президентом. Однако герои снова останавливают его.
В сцене после титров Джокер и Лекс Лютор сидят в одной камере с уменьшенным и помещенным в бутылку Брэйниаком. После многочисленных посмешек со стороны Лекса и Джокера, Лютор случайно задевает бутылку и она разбивается высвобождая Брэйниака и тем самым возвращая его прежние размеры.
